Frederiksborg Slot blev ramt af en voldsom brand den 17. december 1859. Konge- og Prinsessefløjen udbrændte, mens der kun skete mindre skader på Kirkefløjen. Audienshuset, Audiensgangen og bygningerne udenfor hovedslottet blev ikke berørt. Under arkitekten Ferdinand Meldahls ledelse blev slottet genopbygget med størst mulig genbrug af tilbageværende bygningsdele.
Frederiksborgmuseet
På brygger J.C. Jacobsens foranstaltning blev slottet indrettet som museum, og den 5. april 1878 blev Det Nationalhistoriske Museum på Frederiksborg oprettet som en særlig afdeling af Carlsbergfondet. Museet skulle skildre landets historie gennem portrætter og historiemalerier. I 1882 blev museet på slottet åbnet for publikum.
Bryggeren bekostede endvidere en kopi af Neptunfontænen, da originalen blev taget som svensk krigsbytte i 1658. Den nye kopi blev opstillet i Ydre Slotsgård i 1888.
Af det ældste Frederiksborg, fra Frederik 2.'s tid, kan man stadig opleve bygningerne på den første holm og det lille Badstueslot i slotshaven.
Sidst opdateret:: 10. november 2011